Năm 1927, sau mùa An cư [2], nhà sư Thích Thiện Quang[3] xin với thầy là Hòa thượng Thích Trí Thiền [4] ở Phi Lai cổ tự (Châu Đốc) lên núi Cấm ẩn tu, và được chấp thuận.

Đến nơi, sư Thiện Quang dựng lên một am thờ Phật bằng tre, lá đơn sơ (nên chùa Vạn Linh còn được gọi là chùa Lá) để chuyên tu và trị bệnh cho người dân quanh vùng. Khi số đệ tử quy tụ về đông hơn, năm 1941, nhà sư Thiện Quang cho khởi công trùng tu ngôi chánh điện khang trang hơn, mái lợp ngói, đến 1943 thì hoàn thành, và đặt tên là chùa Vạn Linh.

Năm 1945, chiến tranh Việt-Pháp bùng nổ. Sợ đối phương lập căn cứ ở đây, nên chính quyền thực dân Pháp ra lệnh không cho dân ở trên núi Cấm nữa. Vì vậy, nhà sư Thiện Quang phải dẫn các đồ đệ xuống núi, và sau đó đến tu ở chùa Linh Bửu thuộc vùng Cầu Bông, Sài Gòn. Năm 1953, Hòa thượng Thích Thiện Quang viên tịch.

Năm 1954, đất nước tạm yên, Trưởng đệ tử của Hòa thượng Thích Thiện Quang là Hòa thượng Thiện Thành lúc bấy giờ đang tu ở núi Kỳ Hương gần tổ đình Phi Lai (Châu Đốc), bèn cùng với một tăng chúng trở về núi Cấm. Vì nạn binh lửa, chùa cũ đã đổ nát, Hòa thượng Thiện Thành liền cho dựng tạm một ngôi chùa bằng cây lá để có nơi tu hành.

Năm 1958, nhờ một số Phật tử ở Sài Gòn phát tâm ủng hộ tiền của, Hòa thượng Thiện Thành đã cho khởi công trùng tu kiên cố: cột bê tông, tường xây, mái ngói; đến năm 1960 thì xong.

Vài năm sau, chiến tranh lại nổ ra. Năm 1967, theo lệnh của chính quyền tỉnh lúc bấy giờ, người dân lại tản cư xuống núi. Chung số phận, Hòa thượng Thiện Thành cùng tăng chúng đành phải về Tổ đình Phi Lai (Châu Đốc) nương náu. Năm 1970, Hòa thượng Thiện Thành được cử giữ chức Trụ trì tổ đình Phi Lai.

Sau tháng 4 năm 1975, chiến tranh kết thúc. Thấy chùa Vạn Linh lại đổ nát vì bom đạn, Hòa thượng Thiện Thành định cho xây dựng lại, nhưng vì lúc ấy tình hình hãy còn phức tạp, nên không thực hiện được. Năm 1992, Hòa thượng Thiện Thành mất vì bệnh.

Năm 1993, ông Lâm Cáo Kia[5], một đệ tử cư sĩ của Hòa thượng Thích Thiện Quang, đã đến thỉnh cầu Hòa thượng Thích Trí Tịnh[6] (cũng là đệ tử Hòa thượng Thích Thiện Quang) lập lại chùa Vạn Linh, và được nhận lời.

Sau khi được phép của ngành chức năng, ngày mùng 6 tháng 8 (âm lịch) năm 1995, chùa Vạn Linh được khởi công xây dựng lại với quy mô lớn, kiên cố và đẹp đẽ, bằng xi măng cốt thép, trên lớp ngói sứ cao cấp, gồm: chánh điện, bảo các, lầu chuông, tháp Tổ, v.v... trên một diện tích khoảng 6 ha. Lần này, người đứng ra phụ trách việc xây dựng ngôi chùa là Thượng tọa Thích Hoằng Tri.

Ngày 24 tháng 11 (âm lịch) năm 2003, Lễ An vị các tượng Phật được tổ chức vào ngày lễ giỗ Hòa thượng Khai Sơn (Thích Thiện Quang), đánh dấu một chặng dài gian khổ xây dựng chùa Vạn Linh, bởi địa hình phức tạp, đường núi gập ghềnh cheo leo, mọi phương tiện đều thiếu thốn, v.v…[7].

Vào ngày 23 và 24 tháng 11 (âm lịch) hàng năm nơi đây đều có tổ chức lễ giỗ Hòa thượng Khai Sơn rất long trọng.